Vào năm 1960, Wigner đã đưa ra một trực giác làm nhiều người suy nghĩa về sức mạnh của toán học trong bài luận văn nổi tiếng bên ngoài ngành vật ly của ông, bây giờ trở thành kinh điển, Hiệu quả không thể giải thích được của toán học trong các ngành khoa học tự nhiên. Ông cho rằng sinh học và nhận dạng có thể là nguồn gốc của các khái niệm vật lý, và như là khi con người cảm nhận các khái niệm đó, và thật là một sự trùng hợp ngẫu nhiên khi toán và vật lý là liên hệ chặt chẽ lẫn nhau, trông có vẻ như là không thể giải thích được. Tuy nhiên vẫn nhiều người không đồng ý lý thuyết này, trong đó phải kể đến nhà toán học Andrew M. Gleason. Vào năm 1963, Wigner nhận giải Nobel về Vật lý. Ông không bao giờ nghĩ là điều đó sẽ xảy ra, và thêm vào: "Tôi không bao giờ nghĩ rằng sẽ thấy tên mình trên báo chí ngoại trừ làm những việc gì xấu xa." Ông sau đó đã được trao tặng giải thưởng Enrico Fermi, và Huy chương Khoa học Quốc gia (National Medal of Science). Vào năm 1992,khi đã ở tuổi 90, ông xuất bản cuốn hồi ký, Những điều nhớ lại của Eugene P. Wigner với Andrew Szanton. Wigner qua đời 3 năm sau đó ở Princeton. Một trong những học sinh nổi tiếng của ông là Abner Shimony.

Vào cuối những năm 1970 có người hỏi Eugene Wigner 'Ông có còn nhớ đến Rátz?', một trong những giáo viên trung học của ông, ông trả lời: 'Ông ta kia kìa!' và chỉ đến tấm ảnh của Rátz treo trên tường trong phòng làm việc của ông.

Vợ thứ hai của ông là Patricia Hamilton Wigner, góa phụ của một nhà vật lý khác, Donald Ross Hamilton, một trưởng khoa ở Đại học Princeton đã qua đời vào năm 1971.

Gần đến cuối đời những suy nghĩ của ông trở nên mang đầy tính triết lý. Trong hồi ký của mình, Wigner nói rằng: "Toàn bộ ý nghĩa của cuộc đời, toàn bộ ý nghĩa của những ước vọng của con người, về cơ bản là một điều bí ẩn vượt khỏi tầm hiểu biết của chúng ta. Khi còn trẻ tuổi, tôi đã cười cợt về những điều đó. Nhưng bây giờ thì tôi đã an lòng về điều đó. Tôi còn cảm thấy một vinh dự nào đó khi là một phần của điều bí ẩn đó". Ông bắt đầu thích nghiên cứu về triết lý Vedanta của Ấn Độ giáo, đặc biệt là những ý tưởng rằng toàn bộ vũ trụ này là một nhận thức bao trùm tất cả. Trong tập các bài luận của mình (Các phép đối xứng và phản xạ- các luận văn khoa học), ông đã nhận xét rằng "Không thể nào mà công thức hóa được tất cả các định luật (của cơ học lượng tử) trong một cách thống nhất hoàn toàn mà không viện dẫn đến nhận thức (consciousness)".

Cũng liên quan đến các vấn đề này là thí nghiệm về ý nghĩ, nghịch lý bạn của Wigner. Nó thường được xem như là phiên bản mở rộng của thí nghiệm con mèo của Schrödinger. Thí nghiệm bạn của Wigner hỏi câu hỏi sau đây: tại giai đoạn nào thì một "phép đo" diễn ra? Wigner đã đưa ra thí nghiệm này để nhấn mạnh rằng ông tin rằng nhận thức là cần thiết trong quá trình đo đạc cơ học lượng tử.